La guerra del Peloponeso cambió el mapa de la Antigua Grecia. A nivel internacional, Atenas, la principal ciudad antes de la guerra, fue reducida prácticamente a un estado de sometimiento, mientras Esparta se establecía como el mayor poder de Grecia.
El costo económico de la guerra se sintió en toda Grecia; un estado de pobreza se extendió por el Peloponeso, mientras que Atenas se encontró a sí misma completamente devastada y jamás pudo recuperar su antigua prosperidad.
La guerra también acarreó cambios más sutiles dentro de la sociedad griega; el conflicto entre la democracia ateniense y la oligarquía espartana, cada una de las cuales apoyaba a facciones políticas amigas dentro de otros estados, transformó a las guerras civiles en algo común en el mundo griego.
Las guerras griegas, mientras tanto, que originariamente eran una forma de conflicto limitado y formal, se convirtieron en luchas sin cuartel entre ciudades estado que incluían atrocidades a gran escala.
La guerra del Peloponeso, que destrozó tabúes religiosos y culturales, devastó extensos territorios y destruyó a ciudades enteras, marcó el dramático final del dorado siglo V a. C. de Grecia.
Durante un corto período de tiempo, Atenas fue gobernada por los «Treinta Tiranos», suspediéndose el régimen democrático. Este nuevo gobierno reaccionario fue establecido por Esparta. En 403 a. C., Trasíbulo derribó a los oligarcas y restauró la democracia.
Pese a que el poderío ateniense estaba fracturado, la guerra de Corinto ayudó a una pequeña mejoría y Atenas siguió teniendo un rol activo en la política griega. A su vez, Esparta fue derrotada por Tebas en la batalla de Leuctra en 371 a. C., pero la conquista de Grecia por parte de Filipo II de Macedonia puso fin a todo unos años más tarde.